Korzenie miejscowości i parafii sięgają średniowiecza. Wieś Lyski od początku swego istnienia była osadą książęcą. W 1313 r. książę raciborski Leszek podarował ją klasztorowi sióstr Dominikanek w Raciborzu. Nie zachowały się źródła mówiące o dokładnej dacie powstania parafii, ale jej zasięg obejmujący aż 9 wsi wskazywałby na fakt, iż jej początków należy szukać w połowie XIII wieku. Pierwsza wzmianka o parafii pochodzi z 1335r. – płaciła wtedy jedną grzywnę i 15 skojców świętopietrza.
Do początku XX wieku istniał tu drewniany kościół, który mógł być drugim lub trzecim z rzędu. Z 1526r. pochodzi wzmianka o wybudowaniu kolejnego kościoła, który spłonął w 1669 r. Na jego miejsce wniesiono w 1672r. nowy, który przetrwał aż do 1907r.
Parafia była bardzo rozległa. Obejmowała takie miejscowości jak: Lyski, Bogunice, Górki, Gaszowice, Nowa Wieś, Piece, Sumina, Szczerbice, Szymocice, Zwonowice oraz przysiółki Pogwizdów i Solarnia.
Kościół mógł pomieścić zaledwie około 800 osób, a na nabożeństwa przychodziło od 1800 – 2000 wiernych. Zachodziła potrzeba budowy większego kościoła. 1870r. zawiązał się komitet budowy murowanego kościoła, który gromadził fundusze na budowę.
Budowa nowego kościoła
Zbieranie funduszy trwało dość długo. Do budowy przystąpiono dopiero w 1904r. Dnia 1 maja 1904r. ks. proboszcz Henryk Ballon położył kamień węgielny pod jego budowę. Jako miejsce pod budowę obrano teren dotychczasowej zagrody plebańskiej naprzeciw Fundacji Połednika znajdującej się przy głównym trakcie wiodącym z Rybnika do Raciborza (obecnie ul. Rybnicka).
Projekt kościoła w stylu neogotyckiem został narzucony przez regencję opolską. Kierownikiem budowy był wyznaczony przez fiskusa Pauwel z Rybnika, a roboty ziemne, murarskie i ciesielskie nadzorował budowniczy Klose. Parafianie wykonywali wiele prac ręcznych i w powozach, które wyceniono na sumę 5515,15 marek, a cały koszt budowy wynosił 104106,48 marek. Kościół posiada 42 m długości, 24 m szerokości, wysokość wnętrza wynosi 10 m. Ma jedną wieżę krytą blachą cynkową zakończoną krzyżem z sygnaturką. Jest trójnawowy o półkolistych sklepieniach. Ma nawy boczne niższe od nawy głównej. Prezbiterium zamknięte trójbocznie. Symetryczne zakrystie. Nie wyodrębnione z naw bocznych. Okna w nawie głównej okrągłe, osadzone w ostrołukowych arkadach. Okna w nawach bocznych zamknięte ostrołukowo, zdwojone. Elewacje naw bocznych opięte szkarpami. Od strony północnej wzniesiono wieżę nakrytą hełmem piramidalnym. Z boków wieża ujęta jest trójkątnymi szczytami. W wieży podwójne ostrołukowe okna, nad wejściem głównym rozeta wykonana z profilowanych cegieł nałożonych na tynk, z okrągłym oknem pośrodku. Wejście główne podwójne, w ostrołukowych portalach z wimpergami z cegły. Dachy kościoła kryte są dachówką. W kruchcie i nawach bocznych są sklepienia żaglaste. Kościół pierwotnie posiadał okna witrażowe dostarczone przez firmę Franke z Naumberga. Stacje drogi krzyżowej dostarczył malarz Waldowski z Wrocławia. Ze starego kościoła pochodzi obraz św. Małgorzaty, który obecnie znajduje się w głównym ołtarzu oraz korpus Ukrzyżowanego Chrystusa na krzyżu, który znajduje się w krypcie kościoła. Neogotycka ambona i chrzcielnica pochodzą z początku XX wieku. Ołtarz główny pochodzi z 1907r. z obrazem olejnym św. Małgorzaty ze starego kościoła o rozmiarach 120 x 180 cm. Nad nim również znajduje się obraz olejny przestawiający św. Rodzinę. Po bokach obrazu głównego stoją figury: św. Anny, św. Urbana, św. Izydora i św. Jadwigi. Pancerne tabernakulum zostało wykonane przez Ars Catholica w 1964r. (za kwotę 20 tysięcy zł) odnowione i wzmocnione w lutym 1993r. Po bokach tabernakulum są figury aniołów podtrzymujących lampki. Mensa ołtarza jest kamienna. Do ołtarza prowadzą trzy drewniane stopnie. Obecnie jest w dobrym stanie.
Ołtarze boczne:
Z lewej strony prezbiterium znajduje się gotycki ołtarz pochodzący z 1907r. przedstawiający Matkę Boską z Dzieciątkiem podającą św. Dominikowi różaniec. Po lewej i prawej stronie obrazu są figury św. Alojzego i św. Franciszka. Drugi ołtarz znajdujący się po prawej stronie ołtarza głównego przedstawia św. Barbarę. Ma wymiary 100 x 150 cm. Po obu stronach obrazu usytuowane są figury św. Floriana i św. Jana Nepomucena.
Do Nowego kościoła zakupiono w 1905 r. organy. Dostarczyła je firma Schlag i Synowie ze Świdnicy. Zarówno dzwon „Małgorzata” jak i prospektowe piszczałki cynowe w 1917r. musiano oddać na cele wojenne. W 1924r. firma Klimasz i Durschlag z Rybnika przeprowadziła reperaturę tych organów i dostarczyła nowe piszczałki. W 1930r. dokonano zakupu nowych dzwonów: „Salve Regina” i „Św. Paweł”, które zostały zabrane w czasie drugiej wojny światowej.
Straty wojenne
Nowa świątynia bardzo ucierpiała w czasie działań wojennych w 1945r. Została zwalona wieża kościelna, zniszczono dach, spalono prezbiterium a ślady pocisków zachowały się na kościele do chwili obecnej. Znajdujący się nad prezbiterium mniejszy dzwon spadł na ziemie. Służył w późniejszym okresie jako dzwon wzywający na nabożeństwa. Na szczęście ocalały figury świętych. Zniszczeniu uległy także witraże i okna.
Odbudowa
Po przyjeździe do parafii ks. Jana Teichmanna przystąpiono do naprawy szkód. Wokół kościoła usunięto miny i okopy. Wszystkie prace budowlane wykonali sami mieszkańcy bez pomocy urządzeń technicznych. Dachówki podawano sobie z rąk do rąk, by ułożyć je na dachu. Z powodu braku materiałów budowlanych zmniejszono wieżę kościoła, na którą nałożono blachę. Na szczycie umieszczono krzyż. Zniszczone witraże zastąpiono zwykłymi szybami. W 1949r. dzięki staraniom ks. Jana Teichmanna odmalowano także kościół kosztem 750 tysięcy zł. W grudniu tego roku proboszczem został ks. Jerzy Stefani. Przyczynił się do ufundowania nowych dzwonów, na które przez kilka lat gromadzono środki. Dnia 15 listopada 1956r. przywieziono je z Dąbrowy Górniczej. Uroczystego ich poświęcenia dokonał ks. biskup Juliusz Bieniek. Są to dzwony:
„św. Małgorzata” – 480 kg
„Maryjny” – 300 kg
„św. Józef” – 160 kg
1964r. nastąpiła radiofonizacja kościoła.
1972 Założenie ogrzewania w postaci dmuchawy na olej opałowy
1991 Montaż nowych okien
1992 Zakup nowych witraży: św. Piusa X i św. Jana Vaney
1996 Konserwacja i ozłocenie głównego ołtarza św. Małgorzaty
2004 – 2006 Renowacja chrzcielnicy, ołtarza św. Barbary, ambony i balasek
2007 – w grudniu zostało oddane do użytku nowe probostwo z salką katechetyczną
2008 Renowacja ołtarza Matki Bożej Różańcowej
2008/2009 remont generalny organów wykonany przez p. Rudolfa Kuźnika z Rybnika
2011 Oddanie do użytku kaplicy przedpogrzebowej
W obrębie placu kościelnego znajdują się 3 kapliczki wybudowane w 1906r.
Usytuowana z lewej strony placu kościelnego murowana pod wezwaniem Matki Bożej Fatimskiej, figurę zakupiono w 1951r
Z prawej strony placu kościelnego znajduje się murowana kaplica pod wezwaniem św. Jana Nepomucena, figura patrona jest drewniana,
Pomiędzy obiema kapliczkami usytuowana jest kapliczka drewniana Najświętszego Serca Pana Jezusa.
Kilka dat z dziejów kościoła
1870 Zawiązanie komitetu budowy nowego kościoła
1904 Położenie kamienia węgielnego przez ks. Henryka Ballona
1906 13 maja Poświęcenie nowego kościoła
1917 Zabranie dzwonów na cele wojenne
1930 Zakup nowych dzwonów „Salve Regina” i „Paweł”
1945 Zniszczenie kościoła wskutek działań wojennych
1945 – 1947 Odbudowa kościoła
1949 Malowanie kościoła
1956 Poświęcenie nowych dzwonów
1964 Radiofonizacja kościoła
1970 Poświęcenie nowego ołtarza „twarzą do ludu”
1972 Założenie ogrzewania
1989 Remont dachu
1991 Montaż nowych okien
1992 Zakup nowych witraży: Piusa X i Jana Vianey
1996 Konserwacja i ozłocenie głównego ołtarza św. Małgorzaty
2004 – 2006 Renowacja chrzcielnicy, ołtarza św. Barbary, ambony i balasek
2008 Renowacja ołtarza Matki Bożej Różańcowej
2011 Oddanie do użytku kaplicy przedpogrzebowej